組織培養是否成功，在很大程度上取決于對培養基的選擇。不同培養基有不同特點，適合于不同的植物種類和接種材料。開展組織培養活動時，應對各種培養基進行了解和分析，以便能從中選擇使用。
培養基中的激素種類和數量，隨著不同培養階段和不同材料而有變化，因此各配方中均不列入。幾種常用培養基如下：
MS培養基。 MS培養基是目前普遍使用的培養基。它有較高的無機鹽濃度，對保證組織生長所需的礦質營養和加速愈傷組織的生長十分有利。由于配方中的離子濃度高，在配制、貯存、消毒等過程中，即使有些成分略有出入，也不致影響離子間的平衡。MS固體培養基可用來誘導愈傷組織，或用于胚、莖段、莖尖及花藥培養，它的液體培養基用于細胞懸浮培養時能獲得明顯成功。這種培養基中的無機養分的數量和比例比較合適，足以滿足植物細胞在營養上和生理上的需要。因此，一般情況下，無須再添加氨基酸、酪蛋白水解物、酵母提取物及椰子汁等有機附加成分。與其它培養基的基本成分相比，MS培養基中的硝酸鹽、鉀和銨的含量高，這是它的明顯特點。
B5培養基。B5培養基的主要特點是含有較低的銨，這是因為銨可能對不少培養物的生長有抑制作用。經過試驗發現，有些植物的愈傷組織和懸浮培養物在MS培養基上生長得比B5培養基上要好，而另一些植物，在B5培養基上更適宜。
N6培養基。N6培養基特別適合于禾谷類植物的花藥和花粉培養，在國內外得到廣泛應用。在組織培養中，經常采用的還有懷特（While，1963）培養基、尼許（Nitsch，1951）培養基等。它們在基本成分上大同小異。懷特培養基由于無機鹽的數量比較低，更適合木本植物的組織培養。
