菠蘿里有三種不好的成分，可能給人帶來麻煩：
甙類，是一種有機物，對人的皮膚、口腔黏膜有一定刺激性。所以吃了未經處理的生菠蘿后口腔覺得發癢，但對健康尚無直接危害。
羥色胺，是一種含氮的有機物，有強烈地使血管收縮和使血壓升高的作用，每100克果汁中含2.5毫克～3.5毫克。吃多后直接的反應就是頭痛。
菠蘿蛋白酶，是一種蛋白質水解酶。提煉出來以后有很強的分解纖維蛋白和血凝塊的作用，在醫療上有用。
菠蘿中的少量蛋白酶吃到胃里后就被胃液分解破壞。但是有少數人對這種酶有過敏反應。吃后15～60分鐘左右出現腹痛、惡心、嘔吐、蕁麻疹（俗稱風疹塊）、頭痛、頭暈等癥狀。嚴重的還會發生呼吸困難及休克。所謂菠蘿過敏就是指此而言。
預防方法：
菠蘿去皮和果丁后，切成片或塊，放在開水里煮一下再吃。菠蘿蛋白酶在45～50℃就開始變性推動作用，到100℃時，90%以上都被破壞；甙類也同時可被破壞消除；羥色胺則溶于水中。經煮沸后口味也得到改善。
如果為了保持菠蘿的生鮮口味，可以把切成片或塊的菠蘿放在鹽水（一般燒菜的咸度）里浸泡30分鐘左右，再用涼開水浸洗去咸味，也同樣可以達到脫敏的作用。
