參與基因表達調控的因子, 它們與特異的靶基因的順式元件結合起作用。編碼反式作用因子的基因與被反式作用因子調控的靶序列(基因)不在同一染色體上。反式作用因子有兩個重要的功能結構域:DNA結合結構域和轉錄活化結構域,它們是其發揮轉錄調控功能的必需結構。反式作用因子可被誘導合成, 其活性也受多種因素的調節。
同一類序列特異性的反式作用因子由多基因家族所編碼, 它們具有特定的蛋白質結構(如上述的鋅指結構、堿性亮氨酸拉鏈、螺旋-環-螺旋基元等)和蛋白質結構上的同源性, 因而構成反式作用因子家族, 如類固醇激素受體家族、AP1家族等。