開始培育近交系種群和引起的近交系原種的維持，一般采用以下三種方法： 1．單線法：從近交系原種選出3～5個兄妹對進行兄妹交配，從中選出生產能力最好的一對進行繁殖，然后從中選擇一對作為下一代生產的雙親，如此一代代的延續下去。這個方法生產的個體比較均一，但選擇的范圍太小，由于只有單線的仔代，易發生斷代危險。 2．平行法：選3～5對兄妹對，每個兄妹對都選留下一代種鼠，一代代的延續下去，這個方法生產的個體不太均一，但選擇范圍大，易發生分化。 3．選優法：這個方法保留了上述兩個方法的優點克服了兩個方法中的缺點，是個較好的保種方法。假定每代選6對，每對都選自同一雙親的仔代同胞兄妹，在繁殖過程中，每一代均保持6對，當某對出現不孕或生產能力降低，而不適于繼續繁殖時，則可從另一對所生的后代中選擇優良者加以代替。
