內分泌系統是指一群特殊化的細胞組成的內分泌腺（endocrine gland）。它們包括垂體、甲狀腺、甲狀旁腺、腎上腺、性腺、胰島、胸腺及松果體等。這些腺體分泌高效能的有機化學物質（激素），經過血液循環而傳遞化學信息到其靶細胞、靶組織或靶器官，發揮興奮或抑制作用。激素也稱內分泌為第一信使。隨著內分泌學研究的進展，對內分泌系統產生了新的認識。除了上述內分泌腺外，在身體其它部分如胃腸道粘膜、腦、腎、心、肺等處都分布有散在的內分泌組織，或存在兼有內分泌功能的細胞，這些散在的內分泌組織也屬于或包括在內分泌系統內。除此之外，對內分泌或激素的概念也有新的認識。經典的激素是指從內分泌細胞所分泌的激素要經過血液循環運輸到遠距離的靶細胞（遠距分泌），現在認為有一些內分泌細胞所分泌的化學物質可通過細胞間隙彌散作用于鄰近細胞，這類化學物質稱為局部激素，分泌方式稱近距離分泌。
內分泌系統與中樞神經系統在生理功能上，緊密聯系，密切配合，相互作用，調節機體的各種功能，維持內環境的相對穩定，以適應機體內外環境的各種變化及需要。此外，內分泌系統間接地或直接地接受中樞神經系統的調節，也可以把內分泌系統看成是中樞神經調節系統的一個環節。內分腺系統也影響中樞神經系統的活動。